Plány na výstavbu reaktoru na fakultě byly dány již od počátku 60. let 20. století, ale teprve Karlu Matějkovi se podařilo prosadit výstavbu reaktoru i přes poměrně velkou nevoli některých dotčených institucí. Jisté pochybnosti mělo také vedení ČVUT, které se domnívalo, že se jedná o příliš nákladné zařízení. Na druhou stranu si pracovníci tehdejšího dozorného orgánu uvědomovali, že je důležité mít zařízení, kde se budou připravovat odborníci, kteří budou mít zkušenost s řízením reaktoru. Československá komise pro atomovou energii měla v té době významný vliv a blízké vztahy s Ministerstvem školství, kterému příslušelo rozhodnutí o schválení výstavby reaktoru.
V průběhu let bylo zpracováno několik studií a byly specifikovány požadavky fakulty na školní reaktor. Především se jednalo o možnost výuky a výcviku ovládání a řízení reaktoru, výuky experimentální reaktorové fyziky a využití reaktoru jako zdroje neutronů. Důraz byl kladen také na možnost výzkumu a vědecké činnosti. Najít vhodnou lokalitu pro umístění reaktoru bylo problematické. Teprve možnost postavit reaktor v objektu těžkých laboratoří Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy v Praze 8 přinesla úspěch. Pracoviště reaktoru bylo projektováno do dosud nevyužívaných experimentálních prostor, které nebyly pro jaderný reaktor optimální, a v projektu musela být respektována některá omezení, způsobená například velikostí haly a vstupních vrat. V hale byl připraven systém měnitelných plošin, jeřáb, inženýrské sítě (likvidační stanice odpadních vod) a vzduchotechnika (aktivní klimatizace).
Do projektu byly zapojeny společnosti ŠKODA JS a Chemoprojekt Praha. Fakulta se na výstavbě reaktoru podílela koordinací prací, výpočty neutronově-fyzikálních charakteristik reaktoru, bezpečnostními analýzami a návrhem ovládacího zařízení reaktoru. Základní cíle FJFI zahrnovaly zabezpečení realizace, odzkoušení a uvedení reaktoru do provozu, přípravu experimentální metodiky a pedagogické podklady pro začlenění reaktoru VR-1 do výuky posluchačů vysokých škol a zapojení do oblasti výzkumné činnosti. Technologie reaktoru a jeho uvedení do provozu byla financována ze státních prostředků rozvoje vědy a techniky (úkol A 01-159-112-08 „Školní reaktor VR-1P“), vybudování stínění reaktoru a úpravu reaktorové haly hradilo Ministerstvo školství. V rozpočtu bylo pamatováno také na první experimentální vybavení. Konstrukce reaktoru byla velmi pokroková, především z pohledu zvoleného uspořádání dvou vzájemně propojitelných nádob. Jedinečné bylo také použití nerezové technologie, uplatnění zásad zajištění jakosti a prvního kompletně číslicového řídicího systému u jaderného reaktoru na světě.
Reaktor dosáhl poprvé kritického stavu 3. prosince 1990 v 16:25 hod.
Na spuštění reaktoru bezprostředně navázal jeho zkušební provoz. Při něm byly experimentálně ověřeny všechny hlavní parametry reaktoru a připravené pedagogické úlohy. Od ledna 1992 je reaktor VR-1 v trvalém provozu. Za dobu svého provozu se reaktor VR-1 stal jedním z pilířů jaderného vzdělávání v České republice, na kterém experimentální výukou procházejí jak studenti českých a slovenských vysokých škol, tak i budoucí operátoři obou českých jaderných elektráren. Své místo si reaktor VR-1 našel i v zahraničí.