Zajistit bezpečný provoz znamená prokázat, že jaderné zařízení neohrožuje svým fungováním bezprostřední okolí ani zaměstnance a uživatele reaktoru (Safety - bezpečnost). A dále, že zabezpečení pracoviště je takové aby zabránilo k záměrnému zneužití či poškození zařízení a nebo k neoprávněným manipulacím s jaderným materiálem (Security - zabezpečení). V neposlední řadě musí být reaktor provozován dle pravidel stanovených smlouvou o nešíření jaderných zbraní (Safeguards - zárukový proces). Zárukový proces zajišťuje permanentní evidenci a kontrolu všech jaderných materiálů na pracovišti reaktoru. Nastavení přísných pravidel v těchto třech oblastech vychází z doporučení IAEA, kde je tento princip označován jako 3S.
Bezpečnost jaderného zařízení je prokazována v oblasti jaderné bezpečnosti, radiační ochrany a havarijní připravenosti. Na pracovišti je vymezeno kontrolované pásmo, ve kterém je zabezpečeno nepřetržité monitorování prostředí i osob. Vstup do kontrolovaného pásma je povolen pouze poučeným osobám splňujícím podmínky vstupu. Prostor haly je monitorován systémem RMS (Radiační monitorovací systém), který je doplněn termoluminiscenčními detektory a potřebným množstvím přenosných přístrojů. Obsluha reaktoru je monitorována pomocí filmového a elektronického dozimetru, ostatní osoby vstupující do kontrolovaného pásma jsou vybaveny elektronickými dozimetry. Roční hodnota efektivní dávky od gama záření je pro pracovníky zpravidla menší než 0,5 mSv (povolená roční efektivní dávka pro radiační pracovníky je stanovena na 20 mSv za rok), u návštěvníků a studentů se pohybuje pod prahem citlivosti měřicích přístrojů.
Zabezpečení pracoviště vychází ze základních funkcí fyzické ochrany, jako je včasná detekce útočníka, jeho zpomalení a adekvátní zásah. Fyzická ochrana reaktoru a jaderných materiálů, které se na něm používají, splňuje požadavky vyhlášky SÚJB o zabezpečení jaderných materiálů a jaderných zařízení, která vychází z doporučení Mezinárodní agentury pro atomovou energii.
Základním kamenem zárukového procesu na pracovišti reaktoru je systém evidence a kontroly všech držených štěpných jaderných materiálů. Každá položka jaderného materiálu je sledována, má přesně definované místo svého uložení a svůj inventární záznam. Přesuny a manipulace jaderných materiálů lze provést pouze se souhlasem vedoucího evidence jaderných materiálů a tyto změny musí být zavedeny do evidenčních záznamů.